Le jeune Manta est un garçon complexé par sa petite taille. Un soir, il fait la connaissance dans un cimetière de Yoh Asakura, qui lui propose de venir avec "eux"... Manta réalise alors que Yoh parle non seulement de lui-même, mais aussi des fantômes qui l'entourent !
Terrorisé, Manta s'enfuit. C'est le lendemain qu'il retrouve Yoh à son école comme nouvel élève, et ce dernier va lui apprendre la vérité : Il est venu jusqu'ici pour poursuivre son apprentissage de "Shaman", le Shaman étant un être qui a la faculté de lier le monde des morts et celui des vivants, autrement dit, des personnes pouvant ne faire qu'un avec des esprits.
C'est en affrontant le gang de Ryu, qui a détruit la tombe d'un ancien samouraï, que Yoh va croiser la route d'Amidamaru, mort il y a 600 ans. Après des débuts hésitants, Amidamaru accepte de devenir le compagnon de Yoh et va fusionner avec lui, lui offrant par là de grands pouvoirs et augmentant sa maîtrise Shaman...
Commence alors une grande aventure !
Dans sa quête de devenir un roi des Shamans, affrontant d'autres maîtres, Yoh et Manta ne seront pas seuls. Anna les accompagne. Elle est l'amie de Yoh et, sous son air autoritaire, elle a juré que celui-ci deviendrait un roi des Shamans. Ryu, le loubard au grand coeur, a finalement décidé de se joindre à leur quête, tout comme Horo Horo, un jeune garçon déjanté dont la technique repose sur la maîtrise de la glace.
Leur premier grand adversaire sera Ren, rival de Yoh, mais il finira par changer de camp et deviendra un proche allié de nos héros.
D'aventures en aventures, les apprentis Shamans vont affronter des combattants toujours plus dangereux, mais dont ils se feront de certains des amis, pour finalement s'opposer à Maître Hao, qui veut s'approprier le monde.